In Splinter Cell spielt man Sam Fisher, einen amerikanischen Spion der Geheimorganisation Third Echelon, einer Untergruppe der NSA (National Security Agency). Gleich am Anfang bekommt Sam den Auftrag 2 Verschwundene NSA Agenten ausfindig zu machen. Kaum hat er die Beiden gefunden wird klar, das die Mission viel größer und wichtiger als erwartet wird. Stück für Stück deckt er die Verschwörung um den Georgischen Präsidenten Nikoladze auf.